Lễ bốc thăm được tiến hành bởi Hiệp hội Bóng đá Estonia vào ngày 26 tháng 5 năm 2012, trước trận chung kết mùa giải 2011–12.[2] FC Helios là đội duy nhất tham gia đến từ Rahvaliiga (RL) — một giải đấu được tổ chức bởi Hiệp hội Bóng đá Estonia, nhưng không thuộc hệ thống giải chính.

• Ghi chú 1: JK Leisi bỏ giải.
• Ghi chú 2: SK Tääksi bỏ giải.
• Ghi chú 3: Tartu JK Tammeka II bỏ giải.
• Ghi chú 4: Kohtla-Järve FC Lootus giành chiến thắng với tỉ số 4–1, nhưng đã sử dụng một cầu thủ không hợp lệ. Vì vậy phần thắng được dành cho FC Puuma với tỉ số -:1.[3]

Đội miễn đấu

Các đội bóng sau không được bốc thăm và được tham gia vòng 2 mà không cần thi đấu:

• Meistriliiga (Cấp độ 1): Narva JK Trans, JK Sillamäe Kalev, Paide Linnameeskond
• Esiliiga (2): Rakvere JK Tarvas
• II Liiga (3): Paide Kumake, Keila JK, FC Nõmme United
• III Liiga (4): Põlva FC Lootos, Koeru JK, Saaremaa JK, Valga FC Warrior, JK Welco Elekter
• IV Liiga (5): Viimsi MRJK, Taebla JK, FC Pubi Trehv, Tartu Quattromed II